学习经历
1991年9月 – 1995年6月: 湖北大学生物系，本科，生物教育专业
1997年9月 – 2000年6月: 中国科学院武汉病毒研究所，硕士，生物化学与分子生物学专业
2000年9月 – 2003年6月: 中国疾病预防控制中心，博士，病原生物学专业

 

工作经历
2003年10月 – 2008年4月: 新加坡基因组研究所，博士后
2008年5月 – 2009年12月: 剑桥大学生物医学研究所，助理研究员
2010年1月 – 至今：上海交通大学，特别研究员，教授

 

 

学会兼职与审稿人
Human Genome Organisation (HUGO)会员 （2018- 至今）
Nucleic Acids Research、Stem Cells International、Scientific Reports等杂志审稿人。

主要研发各种高通量技术，利用高通量测序平台在干细胞及肿瘤细胞内开展包括转录组学、转录因子介导的转录调控网络以及表观遗传调控等领域在内的功能基因组学的研究。主要研究方向包括：1）肿瘤细胞转录调控网络；2）干细胞表观遗传修饰及其生物学意义。在Cell Stem Cell、Cell、Nature、PNAS、Genome Biology、Oncogene等杂志上发表SCI文章三十余篇，总影响因子237.1，总引用次数超过5600。

1. Tan S, Zhang M, Shi X, Ding K, Zhao Q, Guo Q, Wang H, Wu Z, Kang Y, Zhu T, Sun J, Zhao X. CPSF6 links alternative polyadenylation to metabolism adaption in hepatocellular carcinoma progression. J Exp Clin Cancer Res. 2021;40(1):85. (通讯作者)
2. Song W, Shi X, Xia Q, Yuan M, Liu J, Hao K, Qian Y, Zhao X*, Zou K*. PLZF suppresses differentiation of mouse spermatogonial progenitor cells via binding of differentiation associated genes. J Cell Physiol. 2020;235(3):3033-3042. (共同通讯作者)
3. Zhao Q, Shi X, Chen Y, Bi L, Tian J, Zhang M, Xu L, Sun J, Zhao X. Transcriptome-wide alternative polyadenylation profiling reveals the herbal formula Yangyinjiedu-induced preferential poly(A) usage in lung adenocarcinoma cells. Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 2020;52(10):1171-1174.（通讯作者）
4. Kang Y, Ooi HS, Zhao X. Transcript Profiling Analysis Through Paired-End Ditag (PET) Approach Coupled with Deep Sequencing Reveals Transcriptome Complexity in Yeast. Methods Mol Biol. 2019;2049:105-112. （通讯作者）
5. Yang W, Kang Y, Zhao Q, Bi L, Jiao L, Gu Y, Lu J, Yao J, Zhou D, Sun J, Zhao X, Xu L. Herbal formula Yangyinjiedu induces lung cancer cell apoptosis via activation of early growth response 1. J Cell Mol Med. 2019 Sep;23(9):6193-6202.（共同通讯作者）
6. Gu Y, Wu J, Yang W, Xia C, Shi X, Li H, Sun J, Shao Z, Wu J, Zhao X. STAT3 is required for proliferation and exhibits cell type-specific binding preference in mouse female germline stem cells. Mol. Omics, 2018;14(2):95-102.（通讯作者）
7. Tan S, Li H, Zhang W, Shao Y, Liu Y, Guan H, Wu J, Zhu Y, Cai H, Chen C, Lobie PE, Zhao X*, Sun J*, Zhu T*. NUDT21 Negatively Regulates PSMB2 and CXXC5 by Alternative Polyadenylation and Contributes to Hepatocellular Carcinoma Suppression. Oncogene. 2018;37(35):4887-4900. （共同通讯作者）
8. Wu J, Xiao Y, Xia C, Yang F, Li H, Shao Z, Lin Z, Zhao X*. Identification of Biomarkers for Predicting Lymph Node Metastasis of Stomach Cancer Using Clinical DNA Methylation Data. Dis Markers. 2017; 2017:5745724. （通讯作者）
9. Zhang XL, Wu J, Wang J, Shen T, Li H, Lu J, Gu Y, Kang Y, Wong CH, Ngan CY, Shao Z, Wu J, Zhao X. Integrative epigenomic analysis reveals unique epigenetic signatures involved in unipotency of mouse female germline stem cells. Genome Biol. 2016;17(1):162. (通讯作者)
10. Lu J, Chen J, Xu N, Wu J, Kang Y, Shen T, Kong H, Ma C, Cheng M, Shao Z, Xu L, Zhao X. Activation of AIFM2 enhances apoptosis of human lung cancer cells undergoing toxicological stress. Toxicol Lett. 2016;258:227-36. （通讯作者）
11. Lai DP, Tan S, Kang YN, Wu J, Ooi HS, Chen J, Shen TT, Qi Y, Zhang X, Guo Y, Zhu T, Liu B, Shao Z, Zhao X*. Genome-wide profiling of polyadenylation sites reveals a link between selective polyadenylation and cancer metastasis. Hum Mol Genet. 2015; 24(12): 3410-7.（通讯作者）
12. Li H, Hou J, Bai L, Hu C, Tong P, Kang Y, Zhao X*, Shao Z*. Genome-wide Analysis of Core Promoter Structures in Schizosaccharomyces pombe with DeepCAGE. RNA Biol. 2015; 12(5): 525--537.（共同通讯作者）
13. Qi Y, Zhang X, Kang Y, Wu J, Chen J, Li H, Guo Y, Liu B, Shao Z, Zhao X*. Genome-wide transcriptional profiling analysis reveals annexin A6 as a novel EZH2 target gene involving gastric cellular proliferation. Mol Biosyst. 2015; 11(7):1925-32. （通讯作者）
14. Zhao X, Han X, Chew JL, Liu J, Chiu KP, Choo A, Orlov YL, Sung WK, Shahab A, Kuznetsov VA, Bourque G, Oh S, Ruan Y, Ng HH, Wei CL. Whole genome mapping of histone H3 Lys4 and 27 trimethylations reveals distinct genomic compartments in human embryonic stem cells. Cell Stem Cell, 2007; 1 (3):286-9.
15. ENCODE Project Consortium (including Zhao X). Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Nature. 2007; 447(7146):799-816.
16. Wei CL, Wu Q, Vega VB, Chiu KP, Ng P, Zhang T, Shahab A, Yong HC, Fu Y, Weng Z, Liu J, Zhao X, Chew JL, Lee YL, Kuznetsov VA, Sung WK, Miller LD, Lim B, Liu ET, Yu Q, Ng HH, Ruan Y. A global map of p53 ranscription- factor binding sites in the human genome. Cell. 2006; 124(1):207-19.
17. Loh YH, Wu Q, Chew JL, Vega VB, Zhang W, Chen X, Bourque G, George J, Leong B, Liu J, Wong KY, Sung KW, Lee CW, Zhao X, Chiu KP, Lipovich L, Kuznetsov VA, Robson P, Stanton LW, Wei CL, Ruan Y, Lim B, Ng HH. The Oct4 and Nanog transcription network regulates pluripotency in mouse embryonic stem cells. Nat Genet. 2006;38(4):431-40.

1.国家自然科学基金委面上项目“NUDT21在肝癌细胞中引起的poly(A)位点改变及其抑癌机理的研究”（2016.1-2020.12），项目号：31671299，主持，经额：62万。
2.国家重点研发计划“生殖健康及重大出生缺陷防控研究”重点专项项目“精子发生的调节机制”（2018.1-2021.12)，项目号：2018YFC1003500，骨干，经额：146万。
3. 上海交大医工交叉项目“肺岩宁方防治Ib-IIIa期非小细胞肺癌术后复发转移的临床疗效观察及相关作用机制探索（2020.1-2022.12）”，项目编号：YG2019ZDA25，共同主持，经额：50万。
4.973项目“精原细胞向生殖干细胞和生殖细胞转化的机制研究”(2013.1-2017.12)，项目号：2013CB967402，骨干，经额：245万。
5.国家自然科学基金委重大研究计划培育项目“胃MALT淋巴瘤转录调控网络的研究”(2013.1-2015.12)，项目号：91229123 ，经额：80万。
6.国家中医药管理局国家中医临床研究基地业务建设科研专项课题项目“基于转录调控网络分析的中药复方作用机理的研究”(2013.1-2015.12)，项目号：JDZX2012123，主持，经额：60万。
7.国家自然科学基金委重大研究计划培育项目“小鼠雌性生殖干细胞全基因组范围H3K4me3和H3K27me3的研究”(2011.1-2013.12)，项目号：91010004，主持，经额：55万。

在读博士生：4人
在读硕士生：2人
出站博士后：1人
已毕业博士：3人
已毕业硕士：5人