师资队伍

黄海燕

 

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学习经历
1998/09 – 2002/06,华东理工大学,生物工程学院生物化工系,工学学士
2002/09 – 2007/06,华东理工大学,生物工程学院生物化工系,生物反应器工程国家重点实验室,工学博士

 

工作经历
2007/08 – 2008/09,新加坡国立大学,生物科学系,博士后
2008/10 – 2010/11,上海交通大学,系统生物医学研究院,博士后
2010/12 –2014/12,上海交通大学,系统生物医学研究院,助理研究员
2015/01 – 至今,上海交通大学,系统生物医学研究院,副研究员

 

人才奖项
2018年教育部自然科学奖一等奖(第二完成人)“三维基因组调控与功能研究”项目
2018年上海市自然科学奖一等奖(第二完成人)“复杂蛋白质群调控与功能研究”项目

 

复杂基因簇的三维基因组结构和基因转录调控;
染色质高级结构形成机制;
药物基因组学,药物毒理与代谢。

1. Mo Zhang#, Haiyan Huang#, Jingwei Li, Qiang Wu (2024) ZNF143 deletion alters enhancer/promoter looping and CTCF/cohesin geometry. Cell Reports 43 (1), 113663
2. Xiao Ge#, Haiyan Huang#, Keqi Han, Wangjie Xu, Zhaoxiao Wang, Qiang Wu (2023) Outward-oriented sites within clustered CTCF boundaries are key for intra-TAD chromatin interactions and gene regulation. Nature Communications 14 (1), 8101 (#共同第一作者)
3. Xin Shi, Jia Shou, Mohammadreza M. Mehryar, Jingwei Li, Leyang Wang, Mo Zhang, Haiyan Huang, Xiaofang Sun, Qiang Wu (2019) Cas9 has no exonuclease activity resulting in staggered cleavage with overhangs and predictable di- and tri-nucleotide CRISPR insertions without template donor. Cell Discovery 5, 53
4. Diyu Chen, Yangjin Zuo, Xinhua Zhang, Yuhua Ye, Xiuqin Bao, Haiyan Huang, Wanicha Tepakhan, Lijuan Wang, Junyi Ju, Guangfu Chen, Mincui Zheng, Dun Liu, Shuodan Huang, Lu Zong, Changgang Li, Yajun Chen, Chenguang Zheng, Lihong Shi, Quan Zhao, Qiang Wu, Supan Fucharoen, Cunyou Zhao, Xiangmin Xu (2017) A genetic variant ameliorates beta-thalassemia severity by epigenetic-mediated elevation of human fetal hemoglobin expression. American Journal of Human Genetics. 101(1):130-138
5. Haiyan Huang and Qiang Wu (2016) CRISPR Double Cutting through the Labyrinthine Architecture of 3D Genomes. Journal of Genetics Genomics 43:273-88
6. Bingxia Zhao, Peng Huang, Pengfei Rong, Yu Wang, Mengyu Gao, Haiyan Huang, Kang Sun, Xiaoyuan Chen, Wanwan Li (2016) Facile synthesis of ternary CdMnS QD-based hollow nanospheres as fluorescent/magnetic probes for bioimaging. Journal of Materials Chemistry B. 4(7): 1208-12.
7. Yuanming Wang#, Haiyan Huang#, Qiang Wu (2014) Characterization of the zebrafish Ugt repertoire reveals a new class of drug-metabolizing UDP glucuronosyltransferases. Molecular Pharmacology 86: 62-75 (#共同第一作者)
8. Jing Yang, Lei Cai, Haiyan Huang, Bingya Liu and Qiang Wu (2012) Genetic variations and haplotype diversity of the UGT1 gene cluster in the Chinese population. PLoS One 7(4): e33988
9. Haiyan Huang, Qiang Wu (2010) Cloning and comparative analyses of the zebrafish ugt repertoire reveal its evolutionary diversity. PLoS One 5(2): e9144
10. Haiyan Huang, Yihua Yu, Xiaoping Yi, Yuanxing Zhang (2007) Nitrogen metabolism of asparagine and glutamate in Vero cells studied by 1H/15N NMR spectroscopy. Applied Microbiology and Biotechnology. 77: 427-436
11. Haiyan Huang, Xiaoping Yi, Yuanxing Zhang (2006) Improvement of Vero cell growth in glutamate-based culture by supplementing ammoniagenic compounds. Process Biochemistry. 41: 2386-2392
12. 陈秀丽,黄海燕*,吴强*.(2022)靶向敲除β-珠蛋白基因座控制区增强子HS2对K562细胞转录组的影响. 遗传 44(9): 783-797(*共同通讯作者)
13. 王玲,李金环,黄海燕*,吴强*.(2021)串联反向CTCF位点的系列删除揭示增强子调控HOXD基因簇表达的平衡. 遗传 43(8): 775-791(*共同通讯作者)
14. 肖龙会,黄海燕*, 吴强*.(2020)过表达LXRα和RXRA对HepG2全基因组转录的影响. 基因组学与应用生物学 39(10): 4711-4726(*共同通讯作者)
15. 郑晓飞,黄海燕*,吴强*.(2019)染色质架构蛋白CTCF调控UGT1基因簇的表达. 遗传 41(6): 509-523(*共同通讯作者)
16. 汪乐洋,黄海燕*,吴强*.(2017)利用 CRISPR/Cas9 对基因组中高度同源 DNA 片段编辑多样性的遗传学研究. 遗传 39(4): 313-325(*共同通讯作者)

主持
国家自然科学基金面上项目,UGT1基因簇的三维染色质结构与转录调控相关机制研究 81872944
国家自然科学基金青年项目,核受体参与UGT1基因簇内转录共调控的机理研究 81302861
第四十七批中国博士后科学基金面上项目,系统分析NR家族成员对UGT基因簇的转录调节 20100470120
上海交通大学医工交叉青年项目,新发现不安腿综合征MEIS1基因3'UTR区域风险SNP对基因转录调控的影响机制研究 合作主持
系统生物医学教育部重点实验室开放课题合作项目
上海交大新进青年教师启动计划

参与
国家自然科学基金重点项目,原钙粘蛋白基因簇三维架构机制研究 32330016 项目骨干
国家自然科学基金重点项目,CRISPR-Cas9遗传学DNA片段编辑技术研究原钙粘蛋白家簇的3D基因组拓扑结构及功能 31630039 项目骨干
国家自然科学基金重大研究计划集成项目,CTCF介导的染色质高级拓扑结构调控转录机制研究91519302 项目骨干
国家自然科学基金面上项目,遗传和环境因素决定UGT1家族表达活性的机制研究31470820 项目骨干
国家自然科学基金面上项目,UGT基因簇进化及调控研究 30970669 项目骨干
科技部国家重点研发计划,染色质可塑性动态调控的蛋白质机器及其作用机理2017YFA0504200 课题骨干
科技部国家重大基础研究计划,蛋白质整体功能的在体遗传操作新技术新方法研究 2009CB918700 参加者
上海市科学技术委员会科研计划项目,三维基因组构型机制与功能调控研究19JC1412500 项目骨干

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