段斌-上海交通大学系统生物医学研究院

学习经历
2011/9-2016/6 本科哈尔滨医科大学生物信息学（五年制)
2016/9-2022/6 硕博连读同济大学生物学导师：刘琦教授

工作经历
2022/7-2024/11 博士后同济大学/上海市东方医院合作导师：刘琦教授
2024/12-至今长聘教轨助理教授上海交通大学系统生物医学研究院

人才奖项
上海市扬帆计划
上海市超级博士后

学会兼职与审稿人
Nature methods, Genome Biology, Nature Communications, BMC bioinformatics审稿人
上海市药学会第一届人工智能药学专业委员会青年委员会委员
上海市生物信息学会会员

人工智能和系统生物学驱动的肿瘤精准医学，包括：
1. 肿瘤相关重要分子表型的刻画和预测算法开发
2. 肿瘤微环境的解析
3. 肿瘤相关基因型，分子表型以及临床表型的关联分析

1. Duan, B., C. Zhou, C. Zhu, Y. Yu, G. Li, S. Zhang, C. Zhang, X. Ye, H. Ma, S. Qu, Z. Zhang, P. Wang, S. Sun and Q. Liu (2019). "Model-based understanding of single-cell CRISPR screening." Nature Communications 10(1): 2233. (IF: 12.12, 入选“2019年度中国生物信息学十大算法”)

2. Duan, B., C. Zhu, G. Chuai, C. Tang, X. Chen, S. Chen, S. Fu, G. Li and Q. Liu (2020). "Learning for single-cell assignment." Science Advances 6(44). （IF: 14.14, 入选“2020年度中国生物信息学十大进展”）

3. Duan, B.#*, S. Chen#, X. Cheng# and Q. Liu* (2024). "Multi-slice spatial transcriptome domain analysis with SpaDo." Genome Biology 25(1): 73. （IF: 12.3）

4. Duan, B.#, S. Chen#, X. Chen, C. Zhu, C. Tang, S. Wang, Y. Gao, S. Fu and Q. Liu (2021). "Integrating multiple references for single-cell assignment." Nucleic Acids Research 49(14): e80. (IF：16.97)

5. Chen, S#., B. Duan#, C. Zhu, C. Tang, S. Wang, Y. Gao, S. Fu, L. Fan, Q. Yang and Q. Liu (2022). "Privacy-preserving integration of multiple institutional data for single-cell type identification with scPrivacy." Science China Life Science: 1-13. （IF: 10.38）

6. Wei, Z.#, D. Si#, B. Duan#, Y. Gao#, Q. Yu, Z. Zhang, L. Guo and Q. Liu (2024). "PerturBase: a comprehensive database for single-cell perturbation data analysis and visualization." Nucleic Acids Research. （IF: 16.97）

7. Sun, F.#, H. Li#, D. Sun#, S. Fu#, L. Gu#, X. Shao#, Q. Wang#, X. Dong#, B. Duan#, F. Xing#, J. Wu, M. Xiao, F. Zhao, J. J. Han, Q. Liu, X. Fan, C. Li, C. Wang and T. Shi (2024). "Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications." Science China Life Science. （IF: 10.38，封面文章）

8. Li, G., S. Fu, S. Wang, C. Zhu, B. Duan, C. Tang, X. Chen, G. Chuai, P. Wang and Q. Liu (2022). "A deep generative model for multi-view profiling of single-cell RNA-seq and ATAC-seq data." Genome Biology 23(1): 20. （IF: 12.3）

9. Chuai, G., H. Ma, J. Yan, M. Chen, N. Hong, D. Xue, C. Zhou, C. Zhu, K. Chen, B. Duan, F. Gu, S. Qu, D. Huang, J. Wei and Q. Liu (2018). "DeepCRISPR: optimized CRISPR guide RNA design by deep learning." Genome Biology 19(1): 80. （IF: 12.3）

10. Tang, C., S. Fu, X. Jin, W. Li, F. Xing, B. Duan, X. Cheng, X. Chen, S. Wang, C. Zhu, G. Li, G. Chuai, Y. He, P. Wang and Q. Liu (2023). "Personalized tumor combination therapy optimization using the single-cell transcriptome." Genome Medicine 15(1): 105. （IF: 12.3）

11. Wei, Z., S. Zhu, X. Chen, C. Zhu, B. Duan and Q. Liu (2022). "DrSim: Similarity Learning for Transcriptional Phenotypic Drug Discovery." Genomics Proteomics Bioinformatics 20(5): 1028-1036. （IF: 9.5）

1. 国家自然科学基金委员会, 青年科学基金项目, 62302336, 2024-01-01 至 2026-12-31, 30万元, 在研, 主持

2. 上海市科学技术委员会，上海市青年科技英才扬帆计划，23YF1450200，2023-04-01 至 2026-03-31，20万元，在研，主持

3. 中国博士后科学基金会, 博士后站中特别资助, 2023T160485, 2023-08 至 2024-11, 18万元, 结题, 主持

4. 中国博士后科学基金会, 中国博士后面上资助二等资助, 2022M722418, 2022-12 至 2024-11, 8万元, 结题, 主持

在读博士生1名，实习生4名